De vereniging ontstond in 1932 en kende in de beginperiode een aantal verschillende namen zoals VVIJ, VV IJsselmeer en NAS (Na Arbeid Sport) en al vrij snel werden de clubkleuren van IJsselmeervogels rood en wit. Het tenue bestaat uit een wit shirt met dieprode baan en een rode broek. De kousen waren aanvankelijk rood met witte bies, maar de laatste jaren zijn deze min of meer geruisloos overgegaan op wit.

In de eerste jaren speelde IJsselmeervogels in de Utrechtse bond, maar na verloop van tijd werd er steeds in de hoogst mogelijke klasse van het district gespeeld. En niet zonder succes; bijna jaarlijks werd er met plaatsgenoot SV Spakenburg en regioclubs als HSV De Zuidvogels en SV Huizen om de titel gespeeld.

De Vogels pakten diverse titels en bekers en kenden in de jaren vijftig en zestig meermalen het kampioenschap. Na de jaren zestig werd door de KNVB een landelijke eerste klasse voor het zaterdagamateurvoetbal ingesteld. Plaatsing ging moeilijker dan verwacht maar na een barrage met VRC en Rijsoord wist IJsselmeervogels zich te kwalificeren.

Sportploeg van het jaar 1975
Landelijke bekendheid ontstond in het seizoen 1974-1975. IJsselmeervogels had zich gekwalificeerd voor de KNVB-beker. SV Limburgia en SC Amersfoort (de voormalige BVO uit de nabije grote stad) werden verslagen met 1-0 en 4-1. Hierna was FC Groningen, op dat moment koploper van de eerste divisie, de tegenstander. IJsselmeervogels won de wedstrijd met 2-1 en bereikte de kwartfinale.

In maart 1975 speelde IJsselmeervogels in Alkmaar tegen AZ'67. Jan Vedder en Jaan de Graaf brachten de Vogels op een 0-2 voorsprong. De Alkmaarders kwamen terug tot 2-2 waardoor uiteindelijk strafschoppen uitsluitsel moesten geven. Vogels-doelman Jos de Feyter ontpopte zich tot held door enkele strafschoppen tegen te houden. In de halve finale, gespeeld in de Adelaarshorst van Go Ahead Eagles, strandde IJsselmeervogels. FC Twente was met 6-0 te sterk. Door de goede prestaties ontving IJsselmeervogels aan het eind van het seizoen het predicaat 'Sportploeg van het jaar'. IJsselmeervogels is tot op heden de enige amateurclub die deze titel in ontvangst heeft mogen nemen.

Recordkampioen
IJsselmeervogels heeft van de Nederlandse amateurclubs de meeste titels binnen gehaald en mag zich met recht recordkampioen noemen. IJsselmeervogels steeg het afgelopen decennium echter tot grote hoogte. Niet eerder werden er zóveel prijzen (13!) gepakt als tussen 2000 en 2010.

Afdelingstitels (31×)*
1937, 1946, 1947, 1948, 1954, 1955, 1956, 1957, 1958, 1959, 1964, 1965, 1966, 1968, 1972, 1973, 1976, 1977, 1982, 1983, 1984, 1986, 1988, 1995, 1998, 1999, 2005, 2006, 2007, 2009 en 2010.

Landskampioen zaterdagamateurs (16×)
1954, 1955, 1956, 1964, 1976, 1977, 1982, 1983, 1984, 1995, 1998, 1999, 2006, 2007, 2010 en 2011

Algeheel amateurkampioen van Nederland (7×)
1976, 1977, 1983, 1995, 2006, 2010 en 2011

KNVB-beker zaterdagvoetbal (3×)
1957, 1962, 1974

Districtbeker West I (3×)
1981, 1996, 2003

KNVB beker voor amateurs (1×)
1996

Supercup (2×)
2006, 2010

Sportploeg van het jaar (1×)
1975

*= na het ontstaan van de topklasse in seizoen 2010/2011 is de afdelingstitel niet meer van toepassing.